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煙氣脫硫工程可以根據微生物參與硫循環的各個過程並獲得能量這一特點，利用微生物進行煙氣脫硫，其機理為：在有氧條件下，通過脫硫細菌的間接氧化作用，將煙氣中的SO2氧化成硫酸，細菌從中獲取能量。
生物法脫硫與傳統的化學和物理脫硫相比，基本沒有高溫、高壓、催化劑等外在條件，均為常溫常壓下操作，而且工藝流程簡單，無二次汙染。國外曾以地熱發電站每天脫除5t量的H：S為基礎;計算微生物脫硫的總費用是常規濕法50%。無論對於有機硫還是無機硫，一經燃燒均可生成被微生物間接利用的無機硫SO2，因此，發展微生物煙氣脫硫技術，很具有潛力。四川大學的王安等人在實驗室條件下，選用氧化亞鐵杆菌進行脫硫研究，在較低的液氣比下，脫硫率達98%。
